장서현 선생님께,

안녕하세요.
GEM 제작에 관심을 가지고 문의를 남겨주셔서 감사합니다.
저희 홈페이지가 아직은 베타 테스트 중이라 확인과 회신이 조금 늦어진 점 양해 부탁드립니다. 

저희는 말씀해주신 것처럼 KO 마우스를 제작할 때 CRISPR을 주기술로 사용하고 있는데, 
그동안 발표된 논문 추이를 살펴보면 off-target에 대한 우려를 하실 수 있을 것 같습니다.  

하지만 KO 마우스와 같은 실험동물이 사육, 관리되고 활용되는 과정을 고려해보면, 
이러한 off-target 문제가 KO 마우스 연구에서는 우려될 만한 수준이 아닐 수 있다고 말씀드릴 수 있을 것 같습니다. 

우선 말씀해주신 것처럼 off target은 가능하면 최대한 배제되어야 하는 것은 맞기 때문에, 
저희도 처음 디자인 단계부터 off-target을 최소화할 수 있는 타겟 사이트를 선정하여 guide RNA를 제작합니다.  

저희도 blast도 직접 돌리고 했었지만, 요즘은 off-target 분석툴이 많이 개발되고 오픈되어 있어서 좀 더 쉽게 확인됩니다.
선생님께서 off-target 가능성 여부 등을 직접 확인하실 수도 있을 겁니다. 

그리고 KO 마우스는 제작 단계부터 off-target이 없도록 제작되고 있긴 하지만,
KO 마우스 연구를 생각해보시면, 
만약 off-target이 발생했더라도 KO 마우스를 교배를 통해서 유지하는 과정에서 세대가 거듭되므로 off-tatget이 희석되어 사라집니다.  

그래서 CRISPR로 제작된 1세대에는 off-target 가능성이 상대적으로 높을 수는 있지만, 
일반적으로 실험이 시작되는 3~4세대로 넘어가면 선별된 genotype 외에는 genetic background로 수렴하게 됩니다.   

그래서 그동안 KO 마우스를 제작하시면 off-target 분석에 대한 필요성들은 크게 느끼지 않으셨는데,
만약 필요하시다면 별도로 논의하여 예상 가능한 off-target 분석도 진행 가능합니다.  

더 궁금하신 사항이 있으시면 contact@gemcro.com으로 문의 남겨주시면 회신드릴 수 있도록 하겠습니다. 

감사합니다. 

안녕하세요,

마우스 모델 제작 방법에 관하여 궁금한 점이 있어 문의를 드리게 되었습니다.
회사 홈페이지를 보면 주로 CRISPR 기술만을 이용하시는 것 같은데, 혹시 KO mouse model을 제작할 때에도 선택지에 CRISPR 기술만 있나요?
CRISPR 기술이 분명 간편하고 좋은 기술이지만 off-target effect도 있어 ES cell targeting 기술을 이용하여 마우스를 제작하기도 하는 것으로 압니다.
만약 CRISPR 기술을 이용해서 마우스 모델을 만들어주신다면, 혹시 off-target effect 확인을 어느 정도 해 주시는지도 궁금합니다.

좀 더 세부적으로 말씀을 드리자면, 저같은 경우에는 protein coding gene 말고 non-coding RNA가 나오는 부분을 없앤 마우스를 만들고 싶은데, protein coding gene의 경우 phenotype이 분명한 경우가 많아 off-target effect를 외관상으로 확인하는 게 비교적 쉽지만, non-coding RNA는 DNA sequence 상에서만 확인이 가능할 것 같아 off-target effect를 확인하는 게 까다로울 것 같습니다.

감사합니다!

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